Vale, por lo que entiendo lo que quieres es asegurarte de que no hay un workflow ejecutandose en un documento mas de una vez.
Bueno esto tiene su complejidad, mas que nada porque para solucionar esto correctamente lo suyo sería ampliar el tema de los eventos del automation -> PRE ( previo a la ejecución del workflow ) y evaluarlo allí. Otra forma mas pedestre es como parte del workflow. Tendrías que hacer una tarea ejecutada por el system que iterase por todos los workflows activos y comprobase que no hay ninguno con el UUID del documento. Mas que la tupla de uuid-wfId que quieres montar sería comprobar por los activos si hay alguno que tenga este UUID. Otra forma parecida a esto, sería que como parte del proceso del WF la primera y ultima tarea ( en la transition ) fuese registrar el uuid del documento en una tabla y eliminarlo al terminar el WF ( esto también seria eficaz y relativamente sencillo ).
La ventaja del servicio sería que se podría mirar de generar un error para parar la ejecución del WF ( la mala noticia es que en la 6.2 los errores del automation son silenciosos, no se propagan, esto en versiones superiores ya lo hemos solucionado ). Lo que parecía una buena idea - error silencioso - al final nos hemos dado cuenta que no lo era tanto.