Que el workflow una vez registrado esta en la base de datos esta claro. El problema es que como te comentaba, esto es un zip y tampoco hemos investigado tanto para ver que pasa cuando registras el par. Lo mas probable es que extraiga el zip y haga algo con los ficheros de dentro, pero si lo guarda todo ... eso no te lo puedo confirmar. En todo caso piensa que el problema no es perder los WF, a ver lo suyo es tener un backup de todo el repositorio, con lo cual se supone que no se debería perder nada ( una parte pequeña de la totalidad son los WF ). Puedo entender el caso de un entorno de desarrollo, pero vamos que es obligación del desarrollador tener un git o un svn ( yo lo aconsejaría ) y obviamente un backup de esto. En el desarrollo estas herramientas son mucho mejores que el backup, porque nos permiten retroceder en el versionado etc... Yo la respuesta la veo en esta linea que te estoy comentando.