A ver si lo entiendo. Se utilizan los comentarios ( es un campo de metadatos o las notas ? ) como valor para identificar el estado anterior y ir al siguiente. Si no he entendido mal cuando vas por la E que debería saltar a la F te vuelve a ofrecer la E. Es eso ? me tendrás que disculpar pero es una lógica difícil de entender con un post. Aunque no tengas el código fuente, sería muy raro que estuviese ofuscado, mi consejo sería que te bajes el jd-gui (
http://jd.benow.ca/ ) y que descompiles las clases en cuestión, mas que nada con eso también podrás debugar, algo que no te vendrá nada mal.
En general la gente genera el .class y no ofusca nada, de hecho nosotros desearíamos hacer lo mismo, pero por desgracia y debido a constantes pirateos de otras aplicaciones hemos tenido que ofuscar ciertas partes ( hay gente maja y otra que es un asco ).