Con metadatos puedes hacer los mismo que con categorias y keywords y mas cosas. Con categorias puedes hacer lo mismo que con keywords y más cosas es decir el orden jerarquico de mayor a meno seria metadatos, categorias y keywords.
Siempre que sea posible aconsejamos metadatos en frente al uso de el resto. En el caso de las categorias a parte de identificar un nodo como perteneciente a una determinada categoria, te permite navegar por una estructura ( de árbol ), es como si tuvieses una taxonomia ( una categorización secundaria de los documentos ) por la que pudieses navegar. Es decir los datos en realidad estan almacenados en la taxonomia, pero a través de las categorías puedes simular otra navegación con esos documentos ( mas o menos esa seria la idea ).
El problema de los keywords sobretodo es poner order a la hora de crearlos, cuando tienes 12K palabras clave puede perderse el sentido y si todos los usuarios ponen keywords al final puede ser un desastre. Algo parecido te puede pasar con las categorias. En estos escenarios aconsejaríamos que la categorización siempre la hagan 1-2 personas en la entidad ( para que sea homogeneo y tenga pies y cabeza ).
En cambio los metadatos tienen la ventaja que tienes listas cerradas donde los usuarios no pueden crear alegremente valores, eso te garantiza concepto únivocos. En cuanto a quien pone metadatos, el mejor caso siempre va a ser que la documentación pase por las manos de una persona ( documentalista ) cuya función sea categorizas ( para organizacion medianas y grandes esto es lo mejor ) aunque si estableces un cierto protocolo que explique como y cuando deben ponerse los metadatos también toda la organizacion puede colaborar ( y "debería", que este es otro problema -> el personal de según que organizaciones puede permitirse el lujo de no hacerlo ... y ahi lo dejo ... )
Espero que estas reflexiones te sean de utilidad