Depende de lo que entendamos por perder datos. Lo unico que igual deberías mantener es la tabla OKM_ACTIVITY y las tablas de usuarios y configuración básica, el resto si no tienen workflows no tiene mayor importancia, lo mas limpio es exportar y importar.
Los pasos para hacer esto serian:
1- Intalar en otra maquina un OpenKM versión 5.1.9 y configurarlo para postgresql
2- Utilizando la herramienta de exportación ( seleccionar mantener UUID ) exportar todos los okm:X ( el ultimo que se debería importar es el okm:taxonomy dado que esta ligado con el okm:category )
3- Exportar los datos de la tabla OKM_ACTIVITY, OKM_PROFILE, OKM_ROLE, OKM_USER, OKM_USER_ROLE, OKM_USER_CONFIG ( desde el database query en la administración puedes preparar select para hacer los inserts, es decir que las filas devueltas ya sean el insert en la nueva base de datos ) ( de hecho hypersonic tiene un ficherp OKM_APP.script, que es la base de datos con los inserts etc... pero creo que la opción que te doy te será mas fácil que manejar este fichero ).
4- Para mantener la configuración parte de los datos de la tabla OKM_CONFIG deberían ser mantenidos en el nuevo servidor
Como no sé si estan utilizando favoritos, consultas almacenadas etc... no te puedo decir si abría que migrar mas datos, en cualquier caso los datos los tendrías en la otra instalación y seria cosa de sacar los inserts de una tabla y meterlos en la de postgresql