El motor de OCR funciona indistintamente en ambos formatos.
Dicho esto, siempre que puedas utiliza PDF es el formato establecido con su correspondiente ISO como formato de larga duración. Es decir que otros formatos que tecnologicamente con el tiempo pueden quedar obsoletos y tendras problemas para visionar el formato original -> los PDF ( que tienen una ISO internacional que los respalda ) tienen la misión de perdurar en el tiempo. Dudo que los TIFF desaparezcan, pero si tienes un formato - PDF - cuyo objetivo es permanecer en el tiempo, te recomiendo utilizarlo. Otras ventajas pueden ser un menor tamaño del fichero y que es un standard de facto en el intercambio de documentos ( es normal que intercambies documentos en formato PDF pero bastante raro que alguien te envie un TIFF ).